古くは比叡山末の慈眼寺と称し、鎌倉時代初期から天台宗の寺であった。天台宗は真言宗と共に山岳信仰と結びつき、修験道（しゅげんどう）のもととなった。そのため観音院は、塔ノ岳との関わりが多い寺である。戦国時代の1558年＜永禄元＞に、金沢＜三廻部＞という所から砂金が見つかり、一時鉱夫などが大勢集まって檀家（だんか）数も増えたため、寺もそこへ移されたが、しばらくして元の地に戻ったという。1571年＜元亀２＞に寺の僧が、織田信長の比叡山焼き討ちの際に赴援（ふえん）し、討ち死にして以来、寺は荒廃（こうはい）した。1662年＜寛文２＞に上野＜東京都＞の寛永寺末として再興され、現在に至っている。